Conforme Lei Federal nº 8.934/96, a estrutura atual do Sistema Nacional de Registro do Comércio está basicamente subdividida em duas partes:

A primeira, com finalidade normatizadora e fiscalizadora, corresponde ao Departamento Nacional do Registro do Comércio, vinculado administrativamente ao Governo Federal. A segunda, com finalidade operacional, corresponde as Juntas Comerciais dos Estados e do Distrito Federal, vinculadas administrativamente a suas respectivas esferas estaduais e tecnicamente ao DNRC.